Konflikti politik ka lindur midis Greqisë dhe Maqedonisë në vitin 1991 me shpalljen e pavarësisë të Maqedonisë. Republika ish-jugosllave e quajti veten Republika e Maqedonisë dhe zgjodhi një flamur, i cili i kujtonte Greqisë simbolet helene. Greqia tha se bashkë me emrin Maqedonia mund të ngrejë pretendime rajonale ndaj veriut të Greqisë, rajon që po ashtu është quajtur Maqedoni.
Megjithëse me këmbënguljen e Greqisë, Maqedonia e shkruajti në kushtetutë shprehimisht se nuk ka pretendime territoriale, Greqia tha se kishte hallin e flamurit, i cili përmbante yllin e vergines. Edhe flamuri u ndryshua, duke e kthyer yllin shumëcepash të flamurit, në yll me tetë cepa që simbolizon diellin.
Kombet e Bashkuara – FYROM
Kombet e Bashkuara (KB) mezi e kuptuan se ekzistonte një problem, i cili nuk ishte më qesharak. Me ndërmjetësimin e Kombeve të Bashkuara të dy vendet filluan bisedimet për të rënë dakord për emrin përfundimtar. Por propozimi i bërë nga KB që vendi të quhet Republika e Maqedonisë së Shkupit, nuk pranohet nga Greqia. Greqia nuk do fare që fjala “Maqedoni” të përdoret në emërtim.
Greqia e njeh Maqedoninë me emrin Skopje, Shkup, banorët skopjanë dhe gjuhën skopjanishte. Këto emërtime maqedonasit i shohin si ofenduese. Edhe emrin ish-Republika jugosllave e Maqedonisë, FYROM, nuk e durojnë dot. Kështu e quan Maqedoninë edhe OKB-ja. Edhe Gjermania përdor emërtimin ish-Republika jugosllave e Maqedonisë.
Shqipëria dhe Kosova: Republika e Maqedonisë
Në vitin 2004, tre nga pesë anëtarët e Këshillit të Sigurimit, Rusia, SHBA dhe Kina e njohën Maqedoninë me emërtimin Republika e Maqedonisë. Franca dhe Mbretëria e Bashkuar nuk pranuan. Por 104 vende, mes tyre Shqipëria dhe Kosova përdorin në marrëdhëniet bilaterale emërtimin Republika e Maqedonisë.
Ndërsa, burime të Kombeve të Bashkuara për DW bënë të ditur, se javën e ardhshme në Nju Jork do të mbahet një takim për t’ i dhënë shtysë zgjidhjes së çështjes së emrit për Maqedoninë, ish-republikën jugosllave. Zyra e shtypit e Sekretarit të Përgjithshëm informoi se i dërguari personal i sekretarit të përgjithshëm, Matthew Nimetz do të takohet me përfaqësues të “Republikës helenike dhe ish-Republikës jugosllave të Maqedonisë”, në selinë e Kombeve të Bashkuara në Nju Jork më datën 17 janar. Takimi që do të zhvillohet larg pranisë së shtypit “është pjesë e përpjekjeve të Kombeve të Bashkuara për t’i qëndruar pranë palëve për gjetjen e një zgjidhjeje të pranueshme për të dy palët në çështjen e “emrit”, thotë kumtesa.
Kohët e fundit janë zhvilluar disa takime në rangje të larta midis Greqisë dhe Maqedonisë. Hera e fundit kur negociatat janë mbajtur në Nju Jork ka qenë nëntori 2014.
