Në ditët e pavarësisë Isa Boletini ishte në krye të përfaqësuesve të Kosovës përkrah Ismail Qemalit në Vlorë dhe mori pjesë aktive në organizimin e forcave të armatosura për mbrojtjen e Qeverisë së Përkohshme të Vlorës.
Thuhet se Ismail Qemali i ofroi një post ministri, por Isa ia ktheu: “Jo Ismail, se duhen njerëz të shkolluar” dhe i rekomandoi Mehmet Pashë Derallën.