Kur Ati i Shenjtë i shkruante letërpërgjigje shoqatës shqiptaro-amerikane “Çamëria”.
“Në emër të Zotit ju përqafoj dhe ju bekoj të gjithëve.”
Ishin këto fjalët e shenjta që tha Papa Gjon Pali i Dytë, kur shkeli tokën shqiptare më 25 prillit 1993. Ishte vizita e tij në Shqipëri, vendi që sapo kishte lënë pas diktaturën komuniste për të nisur rrugën e mundimshme në kërkim të lirisë. Në sheshin Skënderbej, ku dukej se kishte dalë gjithë Shqipëria, Papa Gjon Pali i II, tha ndër të tjera: “Popull shqiptar, ec përpara me guxim drejt shtigjeve të solidaritetit. Është një rrugë e vështirë kjo, por në të 
janë mbjellë farat e shpresës. Të shoqëroftë forca e martirëve të tu, dëshmitarë gjithmonë në roje të lirisë në vitet e pafund të shtypjes së regjimit totalitar. T’i ndriçoftë hapat e tu dashuria për familjen, shpirti i vëllazërimit, mikpritja ndaj të huajit dhe vetitë që e dallojnë popullin tuaj, veti këto që përbëjnë pasurinë më të çmuar shekullore shqiptare.”
Nisur nga historia dramatike që e ka përndjekur popullin shqiptar shekullin e shkuar, kryesisht atë të diktaturës komuniste, Papa Gjon Pali i Dytë dëshmoi një përkujdesje të veçantë për Shqipërinë. Në momente të ndryshme të historisë, ai e ka mbështetur Shqipërinë. Papa Gjon Pali ka folur edhe për Kosovën e Çamërinë.
Ka ndodhur 15 vite më parë, kur Shoqata “Çamëria”, i pati shkruar një letër, ku përshkruheshin vuajtjet e tragjedisë së Çamërisë. Letra përmbante fakte e ngjarje të historisë së dhimbshme të Çamërisë, vrasjen e mijëra burrave, grave e fëmijëve të Çamërisë. Në letërpërgjigjen drejtuar Shoqatës “Çamëria”, Ati i shenjtë shkruante: “Unë do të lutem për vuajtjet e popullit të Çamërisë”. Ishte kjo një mbështetje e madhe për Çështjen e Çamërisë.
Përveç se për Çështjen Çame, Papa Gjon Pali i Dytë ka folur shpesh për Kosovën. Ndër to mbahet mend mesazhi në ditën e Krishtlindjeve, kur genocidi serb mbi popullin e Kosovës kishte mbërritur kulmin.
“Drama e Kosovës, ku natën e Krishtlindjes pati ndeshje të reja të armatosura, është përherë e pranishme në zemrën time”, do të thoshte Papa në lutjen e Krishtlindjeve. Më 11 prill 1999, duke uruar besimtarët ortodoksë me rastin e Pashkëve, Shenjtëria e tij kujtoi që në ato ditë sytë e besimtarëve ishin plot me vdekje, prandaj bëri thirrje që të heshtin armët e të rifillojë dialogu.
